Water-Stop.NU bestaat uit vrijwilligers en is opgebouwd uit een bestuur en werkgroepen. De werkgroepen rapporteren aan de voorzitter, vicevoorzitter, secretaris en penningmeester van het bestuur. De volgende werkgroepen zijn gevormd:
De werkgroep Externe Contacten & Strategie heeft (deels structureel) overleg met het Waterschap Limburg, de gemeente Meerssen, Rijkswaterstaat en de Provincie Limburg en bestaat o.a. uit bestuurskundigen, ingenieurs en hoogleraren.
De werkgroep Communicatie heeft een website voor de stichting ontwikkeld, maakt flyers voor haar doelgroep en organiseert bijeenkomsten om bewoners, bedrijven en donateurs betrokken te houden. Daarbij begeleidt zij de in- en externe communicatie waar nodig.
De werkgroep Financiën genereert inkomsten middels subsidie aanvragen, donateurs werving en sponsoring en beheert de uitgaven van de stichting.
De werkgroep Buurtactie werkt in het project Droge Voeten aan vroeg signalering en een crisisplan. Daarbij is preventieve waarneming van waterwerken georganiseerd en wordt gewerkt aan beschermende middelen tegen hoogwater.