Water-Stop.NU bestaat uit vrijwilligers en is opgebouwd uit een bestuur en werkgroepen. De werkgroepen rapporteren aan de voorzitter, vicevoorzitter, secretaris en penningmeester van het bestuur. De volgende werkgroepen zijn gevormd:
De werkgroep Buurtactie werkt in het project Droge Voeten aan vroeg signalering en een crisisplan. Daarbij is preventieve waarneming van waterwerken georganiseerd en wordt gewerkt aan beschermende middelen tegen hoogwater.